深圳市水务局作为市政府主管全市水行政工作的组成部门，主要职能是负责全市水资源的开发利用和保护、防洪排涝、供水、节水、排水、水土保持、水污染防治、污水回用、中水利用、海水利用等。指导区街水务工作，负责全市水务企业的行业管理。局机关设8个处室，管理3个行政管理类事业单位，1个行政执法机构，13个局属事业单位。根据《中共深圳市委 深圳市人民政府关于印发〈深圳市人民政府机构改革方案〉的通知》(深发〔2009〕9号)，设立深圳市水务局(简称市水务局)，为市政府工作部门，由市人居环境委归口联系。(一)贯彻执行国家、省、市有关水行政工作的法律、法规、规章和政策;起草有关法规、规章，拟订相关政策，经批准后组织实施。(二)拟订水务发展规划及水资源、防洪排涝、农田水利、供水、排水、节水、水土保持、污水处理及回用、中水利用、海水利用等专业规划，经批准后组织实施。(三)承担生活、生产经营和生态环境用水保障责任。实施水资源的统一监督管理;根据全省水资源分配方案，做好跨境水资源规划衔接工作;发布全市水资源公报。(四)负责水资源保护工作。组织水功能区的划分，并监督实施;监测河道、水库的水量，检测其水质，核定其水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，并协助做好水源保护工作。(五)参与全市水污染治理和水环境保护政策、规划的拟订工作，承担水污染治理工程和水环境保护工程的建设管理和运行监管责任。(六)承担城市供水水质安全责任。负责水务企业的行业管理，负责水务行业的特许经营管理;负责管道直饮水的管理以及原水、供水水质日常检测和管理工作。(七)承担水务工程的建设管理及其质量和安全的监督管理责任;负责河道工程修建维护费的征收管理工作;负责政府投资水务固定资产的监管及水务发展专项资金的业务管理工作。(八)按照分级管理原则，负责全市水库、河道、堤防、河口滩涂、滞洪区及其他水务设施的监督管理;负责全市大、中、小型水库、河道、滞洪区及其他水工程设施的防洪防风安全;负责水工程范围内建设项目审批。(九)负责防治水土流失。组织协调水土流失的综合防治、监测预报并定期公告;负责审批并监督实施建设项目水土保持方案。(十)负责节约用水工作。拟订节约用水政策及有关标准，指导和推动节水型城市建设工作。(十一)承担全市排水设施(含污水处理设施)的建设管理责任。负责对全市排水运营单位监督考核;负责污水处理费的征收管理工作;制定运营服务费的支付标准。(十二)负责水政监察和水行政执法，调解水事纠纷。(十三)承办市政府和上级部门交办的其他事项。